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かつて「厄祭戦」と呼ばれた戦争が終結してから約300年。三日月･オーガスが所属する民間警備会社クリュセ･ガード･セキュリティ (CGS) は、火星都市クリュセを独立させようとする少女、クーデリア･藍那･バーンスタインの護衛任務を受ける。しかし、武力組織ギャラルホルンの襲撃を受けたCGSは、三日月ら子供たちを囮にして撤退を始めてしまう。CGSへのクーデターを決意した少年達のリーダー、オルガにギャラルホルンの撃退を託された三日月は、「厄祭戦」時代のモビルスーツ、ガンダム･バルバトスを用いて戦いに挑む。