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本当のサッカーを取り戻すため、サッカー管理組織「フィフスセクター」の意向を覆す試合を続けてきた天馬たち雷門イレブン。ついに雷門イレブンはホーリーロード全国大会で優勝を果たしてフィフスセクターを解散に追い込み、サッカーを愛する子供たちが自由にプレイできる世界となった。しかしそれから3ヶ月、久々に雷門中に戻ってきた天馬は、グラウンドは野球部が占拠し、サッカー棟からはサッカー部が消えてしまっていることに愕然とする。多くの謎が交錯する中、サッカーを守るため時空を超えた天馬の戦いがはじまる!